在第二(èr )次(cì )新(xīn )吉(jí )恩战争、别名“夏亚的叛乱(luàn )”终(zhōng )结(jié )后(hòu ),地(dì )球(qiú )圈(quān )取(qǔ )得(dé )了(le )短(duǎn )暂(zàn )的(de )和(hé )平(píng )。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就(jiù )读(dú )的(de )少年巴纳吉·林克斯遇见(jiàn )了(le )自(zì )称(chēng )为(wéi )奥(ào )黛(dài )丽(lì )·本(běn )的(de )少(shǎo )女(nǚ )(实(shí )为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地(dì )随(suí )即(jí )化为一片火海。巴纳吉和同(tóng )伴(bàn )一(yī )边(biān )避(bì )难(nán )一(yī )边(biān )寻(xún )找(zhǎo )着(zhe )奥(ào )黛(dài )丽(lì ),而(ér )出(chū )现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后,一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……